Tháng 10 năm 1996 Kabila trở về, lãnh đạo người dân tộc Tutsi nam Kivu chống lại lực lượng Hutu, đánh dấu sự khởi đầu của cuộc Chiến tranh Congo lần thứ nhất. Với sự hỗ trợ từ Uganda, Rwanda, Burundi. Kabila đã đẩy lực lượng của ông vào một cuộc nổi loạn quy mô đầy đủ chống lại Mobutu như Liên minh các Lực lượng Dân chủ Giải phóng Congo-Zaire (ADFL). Đến giữa năm 1997, ADFL đã đạt được những thành tựu đáng kể. Sau các cuộc đàm phán hòa bình thất bại, vào ngày 16 tháng 5 Mobutu chạy trốn sống lưu vong. Ngày hôm sau, từ căn cứ của mình ở Lubumbashi, Kabila tự xưng là tổng thống, đình chỉ Hiến pháp, và thay đổi tên đất nước từ Zaire sang Cộng hòa Dân chủ Congo.

Ngày 20 tháng 5 ông đã đưa toàn bộ chính quyền của mình tiến vào Kinshasa, chính thức bắt đầu nhiệm kỳ tổng thống của mình. Kabila đã từng cam kết là một người chủ nghĩa Mác, nhưng chính sách của mình vào thời điểm này là một sự kết hợp của chủ nghĩa tư bản và chủ nghĩa tập thể.

Trong khi một số nước phương Tây ca ngợi Kabila là đại diện cho một "thế hệ mới" của lãnh đạo châu Phi, các nhà phê bình cho rằng các chính sách của Tổng thống Kabila khác nhau một tý của người tiền nhiệm của ông, được đặc trưng bởi cửa quyền, tham nhũng và vi phạm nhân quyền. Kabila cũng bị cáo buộc tự phóng đại xu hướng, bao gồm cả việc cố gắng thiết lập một sự sùng bái cá nhân, với sự giúp đỡ của cựu Bộ trưởng Bộ Thông tin của Mobutu, Dominique Sakombi Inongo.

Năm 1998, cựu đồng minh của Kabila ở Uganda và Rwanda đã quay lưng lại với ông và ủng hộ một cuộc nổi loạn mới của Rally cho Dân chủ Congo (RCD), Chiến tranh Congo lần thứ hai. Kabila tìm thấy đồng minh mới ở Angola, Namibia, Zimbabwe, và chế ngự ở phía nam và phía tây của đất nước và đến năm 1999, các cuộc đàm phán hòa bình đã dẫn đến sự rút lui của hầu hết các lực lượng nước ngoài.